В общем разработчики что-то обновили и Skype клиент перестал запускаться. Точнее Linux версия стала закрываться после запуска, а как обстоит дело с Windows и Mac OS пока не знаю. Решение проблемы - удалить файл shared.xml
Для Linux
~/.Skype/shared.xml
Для Windows XP
C:\Documents and Settings\Имя_пользователя\Application Data\Skype\shared.xml